فيما يلى الأولويات البيئية لصندوق حماية البيئة، مع ملاحظة ان صندوق حماية البيئة يشجع المشروعات التى تتبنى أساليب الانتاج الأنظف كما يمكنه المشاركة فى التمويل والدعم مع جهات دعم أخرى:
تشمل أولويات صندوق حماية البيئة المبادرات التى تهدف إلى التخلص من المخلفات الصلبة أو إعادة تدويرها وخاصة فى المناطق السكنية المزدحمة والمناطق الصناعية.
تشمل أولويات صندوق حماية البيئة المبادرات التى تهدف إلى التخلص الآمن من المخلفات الطبية الخطرة وخاصة فى المنشآت الطبية وفى هذا المجال يشجع الصندوق دعم منظومة التخلص من المخلفات الطبية والتى تتكون من مراحل: مرحلة الفصل – النقل - الحرق أو التعقييم – الدفن. المشروعات التى تهدف إلى التخلص من المواد السامة مثل الزئبق أو المبيدات المهجورة.
يشجع صندوق حماية البيئة المشروعات التى تهدف إلى حماية التنوع الطبيعى بما فيها المحميات الطبيعية ويشجع الصندوق دعم المشروعات مثل الحفاظ على المحميات الطبيعية بالاضافة إلى تشجيع القطاع الخاص فى مجال الخدمات السياحية والسياحة البيئية وصيانة وتشغيل مراسى السفن والمراسى المعده لاستقبال الصرف الصحى.
تشمل أولويات صندوق حماية البيئة المبادرات التي تهدف إلى: