يضم حوض البحر المتوسط في شمال مصر خمسة بحيرات شمالية وترتيبها من الغرب إلى الشرق (مريوط – إدكو - البرلس – المنزلة – البردويل) وتمثل هذه البحيرات أهمية اقتصادية بالغة حيث يبلغ إنتاجها من الأسماك أكثر من ٧٥ % من إجمالي الإنتاج في مصر. وتتعرض هذه البحيرات لمجموعة من التحديات والتي منها نقص واضمحلال مساحتها ومشاكل التلوث الناتج من عمليات التوسع في الأنشطة الزراعية والصناعية والمزارع السمكية.
وقد تم الاتفاق بين جهاز شئون البيئة والمعهد القومي لعلوم البحار والمصائد لتنفيذ برنامج للرصد الدوري للبحيرات الشمالية بداية من يوليو ٢٠٠٩.
وقد تم إضافة البحيرات المرة والتمساح ثم بحيرتي قارون والريان لبرنامج الرصد عامي 2010، 2011 على التوالي.
يهدف برنامج الرصد الدوري للبحيرات المصرية إلى ما يلي: