تعتمد محمية الزرانيق على ثلاث مصادر رئيسية للمياه على النحو التالى:

1. المياه المالحة التى تغذى بحيرة الزرانيق من خلال ثلاث فتحات للبواغيز الطبيعية ( بوغاز الزرانيق / بوغاز أبو صلاح / بوغاز تفاحة ) والتى تصل ما بينها وبين البحر المتوسط وتعتمد أهمية هذه الفتحات على العوامل الطبيعية ( شدة التيارات البحرية / اتجاهها / ترسيب الرمال على الشاطئ /التآكل والنحر ... الخ ) التى تؤدى إلى فتح تلك البواغيز أو إغلاقها دون تدخل من الإنسان، ففي حالة فتح البواغيز تزداد كميات المياه الداخلة من البحر إلى البحيرة فتقل نسبة الملوحة وتتحسن نوعية المياه ومكوناتها، أما فى حالة غلق البواغيز و الذى قد يستمر لفترات طويلة فان نسبة الملوحة تزداد بدرجة كبيرة مما يؤدى إلى انخفاض نوعية المياه ومكوناتها.





2. مياه البحر المتوسط التى تدخل عبر بوغاز بحيرة البردويل رقم (2) وهو فتحة صناعية لتبادل المياه ما بين البحر المتوسط وبحيرة البردويل ويصل عرض تلك الفتحة إلى حوالي 300 متر ومتوسط عمقها 4-6 متر وتصل كميات من المياه الداخلة عبر هذه الفتحة إلى بحيرة الزرانيق فتحسن من كفاءة ونوعية المياه بها.





3. المصدر الثالث الذى يغذى المنطقة هو المياه العذبة التى تصل إلى المنطقة نتيجة الجريان التحت سطحي لمياه الأمطار التى تهطل على السفوح الشمالية لجبال المغارة ( على مسافة حوالي 90 كم جنوبا ) والتى تتجه بفعل الانحدار إلى الشمال فتصل إلى محمية الزرانيق و تجرى حاليا دراسة وتقييم لكميات هذه المياه ونوعيتها وتأثيرها على الاتزان المائي بالمنطقة.