تنحصر النسبة الكبرى من إيرادات الصندوق في مصدرين: تحصيل الغرامات والتعويضات عن الأضرار التي تصيب البيئة، ورسوم دخول المحميات الطبيعية.
إن بعض مصادر الإيرادات المنصوص عليها في قانون البيئة رقم 4 لسنة 1994 ، لا تدخل واقعيا في حساب إيرادات الصندوق (على سبيل المثال: حصة جهاز لشئون البيئة من الضريبة المفروضة على تذاكر الطيران المصدرة في مصر).

يحدد قانون حماية البيئة ولائحته التنفيذية مصادر الإيراد للصندوق فيما يلي:

• المبالغ التي تخصصها الدولة في موازنتها لدعم الصندوق.
  
• الإعانات والهبات المقدمة من الهيئات الوطنية والأجنبية لأغراض حماية البيئة وتنميتها والتي يوافق عليها مجلس إدارة جهاز شئون البيئة.
  
• الغرامات المالية المحصلة والتعويضات التي يحكم بها أو يتفق عليها عن الأضرار التي تصيب البيئة.
  
• موارد صندوق المحميات الطبيعية المنصوص عليها في القانون رقم 102 لسنة 1983.
  
• ما يخص جهاز شئون البيئة (أي ما لا يقل عن نصف الإيرادات المحصلة من الضريبة البالغة 25 % ) المفروضة على تذاكر الطيران التي تصدرها مصر بالعملة المصرية (بموجب المادة الأولى من القانون رقم 5 لسنة 1986 وكذلك بمقتضى قرار رئيس الوزراء رقم 697 لسنة 1986)
  
• الحصيلة المالية من المشروعات التجريبية التي ينفذها جهاز شئون البيئة.
  
• المبالغ التي يحصلها جهاز شئون البيئة مقابل الخدمات التي يقدمها لأطراف ثالثة.
  
• رسوم التراخيص التي يصدرها جهاز شئون البيئة.