ويشكل مجلس إدارة الصندوق بقرار من رئيس مجلس الوزراء برئاسة الوزير المختص بشئون البيئة وعضوية كلاً من:

1- الرئيس التنفيذي لجهاز شئون البيئة ويكون نائباً لرئيس مجلس الإدارة .
2- رئيس إدارة الفتوى المختصة بمجلس الدولة .
3- ممثل لوزارة الداخلية يختاره وزير الداخلية .
4-‌ ممثل لوزارة المالية يختاره وزير المالية .
5- ممثل لوزارة التنمية الاقتصادية يختاره الوزير المختص بالتنمية الاقتصادية.
‌6- ممثل لوزارة التعاون الدولي يختاره الوزير المختص بالتعاون الدولي.
‌7- ممثل عن الجمعيات الأهلية المعنية بالبيئة يختاره الوزير المختص بشئون البيئة بناء على ترشيح رئيس الإتحاد العام للجمعيات الأهلية .
8-‌ أحد شاغلي وظائف الإدارة العليا بجهاز شئون البيئة يختاره الوزير المختص بشئون البيئة.
9- مدير الصندوق ويتولي أمانه المجلس .

 ويجتمع مجلس إدارة الصندوق بناء على دعوة من رئيسه مرة على الأقل كل شهرين أو كلما دعت الحاجة لذلك وتكون اجتماعاته صحيحة بحضور أغلبية أعضائه ، وتصدر القرارات بأغلبية أعضاء المجلس وعند التساوي يرجح الجانب الذي منه الرئيس .

ويتعين دعوة ممثلي الوزارات الأخرى المعنية عند مناقشة موضوعات ترتبط بالقطاعات التي يشرفون عليها، ويجوز للمجلس أن يستعين بذوي الخبرة لدى بحثه لمسائل وقضايا بيئية معينه يستوجب حلها مشاركتهم الفعالة .