تم تصميم إجراءات التقدم بطلبات الدعم بحيث توفر الوضوح و السرعة الكافية. و تتكون دورة إدارة المشروعات من الخطوات الآتية:

· بناء علي حملة التوعية يتم تلقي طلبات الدعم من المتقدمين علي استمارة الدعم من الصندوق التي تتكون من استمارة توفر معلومات عن المشروع و المتقدم بالاستمارة ومستوي الدعم المطلوب.

· يقوم الصندوق بمراجعة الاستمارة من حيث شروط الصلاحية وفي حالة عدم استيفاء شروط الصلاحية يتم الاعتذار للمتقدم ، وفي حالة استيفاء شروط الصلاحية يتم استكمال الدراسة من قبل الصندوق.

· في حالة المنح: يتم الاستعلام عن المتقدم من الجهات المعنية مثل : وزارة الشئون الاجتماعية في حالة الجمعيات.

· في حالة القروض الميسرة: يتم حصول الصندوق علي شهادة الجدارة الائتمانية من البنك المختص.

· بعد استكمال الدراسة من الصندوق والبنوك في حالة القروض الميسرة ، يتم عرض المشروعات علي لجنة إدارة الصندوق التي يتم تشكيلها بناء علي قرار من وزارة الدولة لشئون البيئة علي النحو التالي:
الرئيس التنفيذي لجهاز شئون البيئة - رئيسا
مدير صندوق حماية البيئة يتولي امانة الصندوق - عضوا
أثنين من شاغلي وظائف الإدارة العليا بالجهاز - أعضاء
ثلاثة من المختصين ومهتمين بشئون البيئة - أعضاء

· تقوم المشروعات التى توافق لجنة إدارة الصندوق على تمويلها بإبرام عقود مع الصندوق و البنك المختص و تحدد العقود شروط التمويل و جدول صرف الدعم المالي و تنفيذ المشروع.

· يقوم الصندوق بمتابعة كل مشروع أثناء التنفيذ لضمان نجاح المشروع و تحقيق الأهداف المنتظرة.